Este Centro de Investigación está muy ligado al proyecto Atapuerca y su actual director es el profesor Eudald Carbonell, colega y compañero en las tareas de dirección de las investigaciones en los yacimientos de Atapuerca. Eudald ha puesto todo su empeño en construir un lugar donde reunir a un selecto grupo de investigadores relacionados con la evolución humana. En el IPHES se desarrollan trabajos de paleontología del Cuaternario, paleoantropología, zooarqueología y otros ámbitos de la evolución humana; pero, sobre todo, el IPHES investiga nuestra evolución social y cultural, en su empeño de conocer mejor nuestra especie y las especies que nos han precedido.

Con la definitiva puesta en marcha del edificio del IPHES, el proyecto Atapuerca ha conseguido generar hasta cuatro centros de investigación, que tratan de manera exclusiva la prehistoria y los orígenes de la humanidad. El IPHES se une así al Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana de Burgos, a la Unidad de Investigación de la Universidad de Burgos y  al Instituto de Evolución y Comportamiento Humanos de la Universidad Complutense de Madrid-Instituto de Salud Carlos III en un conjunto único en Europa por su naturaleza y singularidad.

Las personas que desarrollamos nuestras investigaciones en Atapuerca somos artífices de la profunda relación de todos estos centros. No obstante, nuestro siguiente empeño es lograr que todos ellos tengan una relación institucional más allá de los puros formalismos de convenios genéricos repletos de buenas intenciones, pero vacíos de contenido. Si esto se consiguiera, España tendría la estructura más potente del mundo dedicada el estudio de la evolución humana. Sin embargo, soy poco optimista en ese sentido. No me parece empresa fácil proyectar la relación personal de los tres responsables del proyecto Atapuerca, que tan buenos resultados ha generado, en una relación institucional similar, donde entran en juego intereses muy dispares.